Больница была основана в 1938 году как больница № 1 г. Бабушкина. В 1961 г. в связи с расширением границ города Москвы больница была реорганизована в Детскую городскую больницу № 21. В настоящее время детская городская больница № 21 является единственной больницей в г. Москве соматического профиля, в которой проходят лечение и обследование дети с гастроэнтерологической, нефрологической патологией и др. А с января 2002 г. организованы специализированные отделения для беспризорных и безнадзорных несовершеннолетних, в которых они получают медицинскую, медико-педагогическую, психологическую помощь. После обследования и лечения эти категории детей направляются в социально-реабилитационные центры города.