Больница была основана доктором Е.Ф. Печеркиным в 1898 году. Больница быстро развивалась – в 1941 году она насчитывала уже 200 коек (первоначально их было 4), на ее базе была открыта фельдшерско-акушерская школа, впоследствии переименованная в медицинское училище. А к 1976 году больница уже включала в себя два 5-этажных и два 7-этажных корпуса. В 1988 году комитетом МосГорСовета было принято решение о перепрофилировании больницы в онкологическую для обеспечения специализированной амбулаторной и стационарной помощи. В настоящее время городская клиническая больница № 40 является многопрофильным учреждением.